A fim de esclarecer meu posicionamento sobre o assunto, ou seja, definir se a anuidade da PJ deve ser cobrada sobre o capital social subscrito ou integralizado, trago à lume alguns conceitos que entendo serem necessários aos esclarecimentos:

De início, temos que capital social é a parcela do patrimônio líquido de uma empresa formado pelos valores aportados nesta pelos sócios, seja em dinheiro, seja em bens ou até mesmo em retorno do lucro, quando a diretoria decide que todo ou parte do lucro anual da empresa deverá ser destinado ao aumento de capital. Em resumo, o capital social é o valor que a empresa DEVE ter em caixa para pagar suas obrigações durante determinado período (normalmente um ano).

O capital social de uma empresa, pode estar subscrito (previsto) ou integralizado (efetivado). Subscrição é o ato jurídico formal pelo qual o sócio, acionista ou titular da empresa individual assume a obrigação de transferir bens ou direitos para o patrimônio da entidade à qual está vinculado. Sendo assim, o capital subscrito pode ou não estar integralizado.

Dos conceitos apresentados extrai-se o entendimento de que: capital social é o gênero, enquanto subscrito e integralizado são as espécies.

Por sua vez, o art. 10, da Resolução 1066/2015, determina que as anuidades serão fixadas de acordo com o capital social, ou seja, o gênero. Veja-se:

Art. 10. As anuidades devidas por pessoas jurídicas aos Creas serão fixadas em função de seu capital social, sendo seus valores estabelecidos e devidamente atualizados conforme a Lei nº 12.514, de 2011, e os respectivos descontos para pagamento em cota única em janeiro ou em fevereiro do exercício fiscal serão definidos anualmente pelo Plenário do Confea, por meio de decisão plenária específica para este fim, editada até a sessão plenária do mês de setembro do ano anterior à vigência dos valores fixados.

Feitas tais considerações de forma objetiva e até simplória, entendo que as anuidades devem ser fixadas sobre o valor do capital social, independente de estar somente subscrito ou integralizado.